Si, al quitar la batería puede que entre algo de polvo con el tiempo, pero tampoco es demasiado costoso pasarle un trapo de vez en cuando, el compartimento está bastante protegido y no hay problemas. Ten en cuenta que cuanto más uses la batería menos te va a durar, por muy bien que la cuides.
Con este programa se puede ver como estaba y como está ahora vuestra batería, aun que no es totalmente fiable:
coconut-flavour.com - [coconutBattery 2.6.1]
Yo por ejemplo tengo dos baterías para mi iBook, la que me venía de serie que está a medias y otra nueva que me mandó Apple porque las baterías de este modelo podrían estar defectuosas. Lo que he hecho es guardar la nueva y utilizarla solo cuando salgo fuera, para casa siempre tengo puesta la "mala" y no me preocupo demasiado de su mantenimiento.